Les zones naturelles étant recherchées par les pratiquants, il est donc important de tenter de limiter l’impact des pratiques nautiques tant sur la flore que sur la faune marines.

Le nouveau permis, qui entre en vigueur en janvier 2008, comporte désormais un volet environnemental au même titre que la sécurité ou la conduite du bateau ; les candidats reçoivent un livret d’apprentissage qui aborde la fragilité de certains herbiers sous-marins comme la durée de biodégradabilité des différents types de déchets, et, de manière générale, indique les "bons gestes" qui font l’objet d’une évaluation lors de l’examen théorique :

• Garder ses déchets à bord et s’en débarrasser, une fois rentré, dans les filières idoines,
• Ne pas mouiller son ancre sans tenir compte de la vie végétale sous-marine (dont posidonies de Méditerranée),
• Limiter les nuisances sonores et pourquoi pas, ramasser les sacs plastiques, canettes... rencontrés